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我院研究团队在Nucleic Acids Research期刊发表最新研究成果 
--南方医科大学皮肤病医院(广东省皮肤病医院) 发布时间:2021/12/9; 更新时间:2022/6/6    【访问量:1397】 --
 

2021年11月1日,国际著名期刊Nucleic Acids Research在线发表题为“ViRBase v3.0: a virus and host ncRNA-associated interaction repository with increased coverage and annotation”的研究论文,这是南方医科大学皮肤病医院杨斌教授、王栋教授团队在病毒-宿主互作数据资源与分析平台构建上的最新研究成果。

随着病毒研究受到科研人员的日趋关注,越来越多的证据表明非编码RNA(ncRNA)在病毒感染过程中发挥着关键作用。作为帮助研究病毒感染机制和识别更有效抗病毒靶标的一种重要手段,构建数据资源平台以持续收集和更新ncRNA相关病毒-宿主互作资源信息至关重要。该研究团队应用生物信息学方法全面收集整合ncRNA相关病毒-宿主互作数据,构建ncRNA相关病毒-宿主互作数据资源与分析平台ViRBase v3.0(http://www.virbase.org/)。平台内收录的数据总条目超过820 000条,覆盖116种病毒,涉及36个物种,详细提供各种RNA注释的多方面信息:包括RNA编辑信息、RNA亚细胞定位信息、RNA修饰信息、ncRNA SNP信息及ncRNA-药物互作信息等。为方便研究人员应用平台数据开展相关研究,平台增加RNA结合位点预测工具(IntaRNA 和 PRIdictor)、ncRNA相关互作可视化插件等,从而为ncRNA相关病毒-宿主互作提供更加全面的数据资源和研究参考,方便研究人员更有效地开展病毒感染机制相关研究。



该研究是南方医科大学皮肤病医院杨斌教授、王栋教授团队联合南方医科大学附属佛山市妇幼保健院苏晞教授、北京大学医学部李彦辉合作开展,为共同通讯作者。近年来杨斌教授与王栋教授带领的生信团队致力于将生物信息学分析技术和方法应用于皮肤病相关生物大数据分析,基于深度学习和机器学习算法挖掘皮肤疾病相关机制,结合RNA相关互作、定位、功能与疾病信息构建功能网络与平台以助力机制研究及药物靶标筛选等研究,此次发表的论文即是基础数据平台整合构建环节的重要组成部分。
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